قامت الهيئة بتوقيع مذكرات تفاهم وشراكه مع العديد من المنظمات الاقليمية والدولية ومنها:
  • المنظمة العربية للتربية والثقافة والعلوم (ALECSO)
  • اللجنة الأقيونوغرافية الحكومية الدولية التابعة لليونسكو (IOC)بيانات.
  • المنظمة الإقليمية لحماية البيئة البحرية (ROPME)
  • برنامج الأمم المتحدة للبيئة/ المكتب الإقليمي لدول غربي آسيا (UNEP-ROWA )
  • مجلس الوزراء العرب المسئولين عن شئون البيئة (CAMRE)
  • برنامج الأمم المتحدة للبيئة (UNEP)
  • مركز التنمية والبيئة للإقليم العربي وأوروبا (CEDARE)
  • خطة عمل البحر الأبيض المتوسط التابعة لبرنامج الأمم المتحدة للبيئة (UNEP-MAP) 
  • المنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة (ISESCO ) وخليج عدن 2006.
  • المنظمة البحرية الدولية (IMO)
  • منظمة الأمم المتحدة للتنمية الصناعية (UNIDO)
  • مذكرة تفاهم عن دولة رقابة الميناء
  • الهيئة العربية للطاقة الذرية
    

الهيئة الإقليمية للمحافظة على بيئة البحر الأحمر وخليج عدن